Créé par Jean Bindschedler et Marie-José Aebi, alors marionnettistes à la rue de la Samaritaine à Fribourg, le Musée a été inauguré en 1985. Le fond de la collection a été rassemblé par les deux artistes au cours de leurs voyages. Il a été depuis complété par de nombreux dons. La collection est aujourd’hui riche de plus de 5’000 pièces venant du monde entier.